Eine kleine Anleitung zum Lösen des Problems mit PHP Sessions welche leider nicht mehr vorhanden ist beim PHP File welches von Flex aufgerufen wird (und meinem Beispiel: myfile.php).

1. PHP SESSION ID in flex Applikation übergeben: (Diese Schritt könnte auch über "ExternalInterface.call" welcher eine JavaScript Funktion aufruft und somit die Session Cookie namen zurückgibt.) In meinem Beispiel wird die Variable über Smarty in das SWF-Object eingelesen.

FlashVars="session_id={$session_id}"

2. Variable dem "File Handler" übergeben. UploadFile.swf:

private function initApp():void {
 session_id = mx.core.FlexGlobals.topLevelApplication.parameters.session_id;
}

private function upload():void {
 var request = new URLRequest('myfile.php?sessionId=' + session_id);
 ...
 ...
} 

3. Der Wichtige teil passiert nun auf Seitens PHP. Sobald der sessionId Parameter vorhanden ist wird dieser Versuchen die Session zu reinitialisieren. myFile.php:

if(isset($_GET['sessionId'])) {
 session_id($_GET['sessionId']);
}
session_start();

/*
 * wird nun alle zuvor definierten Session values wieder ausgeben.
 */
print_r($_SESSION);

Kleine und einfache Lösung um dieses Problem hoffentlich erfolgreich zu Lösen.